沿路消滅五台兵來到廣場，遇到巨大惡獸。將它消滅後、身後一把長劍架在「扎克斯」脖頸上，轉頭發現竟是他崇拜的英雄「薩菲羅斯」，驚訝之餘的 「扎克斯」被一劍打倒在地，危急時、「安吉爾」以一把斷劍擋住攻擊，解除危機！

　　之後、只見「安吉爾」拿出手機解除程式，周圍景象回復到訓練室，原來這是「扎克斯」的模擬訓練。「安吉爾」將斷劍交給「扎克斯」，在走出訓練室時，叮嚀 「扎克斯」要抓住夢想，想要成為英雄的話，就朝著夢想前進，絕不放棄！

　　幾天後、「扎克斯」在訓練室做體能訓練，向「坎塞爾」抱怨著全是訓練，沒有實戰時，「坎塞爾」說最近發生特種兵大量逃走事件。1st 的一人失蹤，從五台的現場一起帶走了 2nd 和 3rd，其目的、動機皆不明確，也因此事件，訓練也要被終止了！

　　此時「安吉爾」來到，表示有實戰任務，要「扎克斯」找特種兵主管「拉扎德」聽取任務說明。進指令室見到「拉扎德」，得知1st 特種兵「杰內西斯」，在一個月前五台作戰行動中失蹤了，因此決定讓「扎克斯」前往五台一趟，讓這個冗長的戰爭結束。「安吉爾」也表示已推薦讓「扎克斯 」當 1st，此消息聽得「扎克斯」欣喜不已！

　　出發前向「坎塞爾」詢問戰鬥的相關內容，並在他的引領下，在任務板登錄個人情報後，往後即可在記錄點開啟選單，選擇【任務配置】來進行特別任務 (說白點就是練功系統唄>"<)。而當下前方就有一個記錄點，那就先去試下身手吧！

　　完成特別任務後，「坎塞爾」說公司在支給箱裡面放著戰鬥用的東西，在每次任務之前都檢查一下，於是到支給箱取得《青銅手鐲》。接著返回指令室找 「安吉爾」，出發前往五台囉！

　　片刻後、B隊已開始爆破了，「扎克斯」衝往正門消滅敵人，潛入到砦內部迴廊時，「安吉爾」來電說五台軍有專門對付特種兵的大型魔物，要「扎克斯 」小心。

　　沿路殺敵前進，途中寶箱依序可取得《蘇摩酒》、《回復劑》、《高級回復劑》、《以太》、《以太》。有三處的迴轉牆內會有敵軍，記得去打開消滅裡面的敵軍，以達到完全消滅殘存勢力哦！

　　來到中庭入口處時，「拉扎德」來電表示坦伯林砦內部壓制任務成功了，要「扎克斯」繼續前進。進入中庭、右邊通道內寶箱有《耳環》，左邊通道內寶箱有 《高級回復劑》。沿路殺敵到鬥技場前，遇到自稱是五台最強戰士的美少女「尤菲」，不過見她還是個小妹妹，「扎克斯」陪她玩一下，假裝被打敗，讓「尤菲 」欣喜地離去唄！

　　進入鬥技場見到兩隻巨型魔物，將他們消滅後，接到完成任務準備撤退的通知時，突然又出現一隻更巨大的魔物，「扎克斯」不慎被擊倒。危急時、「安吉爾 」即時趕到，一劍砍殺魔物為「扎克斯」解圍！

　　離開要塞到獸道、「拉扎德」來到，表示「扎克斯」此次任務表現優異，要他以此狀況繼續朝 1st 目標努力。此時殘存的五台兵襲擊而來，「安吉爾」要「扎克斯」護送「拉扎德」到安全的地方，自己斷後對付敵人。

　　「扎克斯」將「拉扎德」送至安全地區後，立即返回支援「安吉爾」。然而回到該處時，不見「安吉爾」了，只見到地上兩具五台兵屍體。正感納悶時，一記火球出現將周遭變成一片火海，隨後出現的是召喚獸 「伊夫利特」！

　　打倒「伊夫利特」後，它又突然甦醒向「扎克斯」突襲而來，幸得「薩菲羅斯」及時出現，劍斬「伊夫利特」解除危機。

　　「薩菲羅斯」揭開倒在地上的兩名五台兵面具，發現兩人竟都是失蹤的「杰內西斯」複製人。「薩菲羅斯」更說「安吉爾」失蹤的原因，是因為他也已經變成叛徒了！ 「扎克斯」聽後不信此事實，堅稱「安吉爾」絕不會背叛的！

　　出發前「坎塞斯」來電要「扎克斯」到門口找他。走出指令室可先到支給箱取得《閃電》，也可到記錄點進行任務配置執行特殊任務。執行完任務 (或不執行)，則到門口找「坎塞爾」，一起前往八番街逛逛。

　　到二樓坐電梯回到特種兵調配室，進指令室找「曾」，出發到「安吉爾」的故鄉巴若拉村。

　　繼續往前到村內，「曾」發現有新立的墓碑，表示自己去調查一下，要「扎克斯」到「安吉爾」老家調查。

　　墓碑左前方有寶箱，可取得《高級回復劑》。來到下方有噴水池的民宅區，右側屋旁寶箱可取得《萬能藥》。進入記錄點旁的民家，見到「安吉 爾」的母親，她說一個月前，「杰內西斯」帶人來殺了村民，而「安吉爾」也回來了，只是他把劍放下後，便不知到哪去了！

　　屋內寶箱可取得 5G，調查「安吉爾」的破壞大劍，及在角落桌上一些「安吉爾」的相片後，出屋即見到名「杰內西斯」的複製人。將他們消滅後， 「曾」來電說發現敵兵的工場。

　　沿路走到岔路，往右來到懸崖上與「曾」會合 (途中有寶箱可取得《高級回復劑》、《MP上升》)。「曾」表示剛才調查的墓碑，就是「杰內西斯」的雙親，看來他是個狠心的傢伙！隨後兩人一起從屋頂破窗侵入工場內。

　　消滅來襲的敵人後，先往左走到盡頭可取得 500G。到樓下消滅出現的敵人，樓梯下可取得《痊癒藥》。進入前方通道內，可取得《萬能藥 》。繼續前進到房內， 「曾」從電腦中發現此處是制作複製人的地方。到二樓見到「杰內西斯」，他正欲對「扎克斯」下殺手時，「安吉爾」出現阻止，並隨著 「杰內西斯」離去。

　　「扎克斯」從後追出工場，「曾」表示要趕快離開此村，因為公司已決定對村子進行轟炸，毀滅所有不利於公司的證據。「扎克斯」決定去救出 「安吉爾」的母親。

　　工場外的寶箱可取得《銅之腕輪》、《超級回復劑》。趕回村內途中，「曾」來電說「杰內西斯」一伙已開始發動炮擊了！此時是個以劍斬炮彈的小遊戲。

　　抑制住炮彈攻擊後，「曾」來電說空中轟炸不久就要開始了，要「扎克斯」把握時間 (限時20秒開始)。快衝到 「安吉爾」家中，發現他的母親已被殺了！而兇手竟是站在屋內的「安吉爾」！

　　「扎克斯」憤怒地質問「安吉爾」時，「杰內西斯」出現放出召喚獸「巴哈姆特」攻擊「扎克斯」，讓「安吉爾」悄然離去！

　　打倒「巴哈姆特」後，「扎克斯」質問「杰內西斯」為何如此做，他答允特種兵是怪物後，只見他背部竟長出巨大羽翼飛離而去！此時空中轟炸已然開始，無情的砲火將整個村子給毀滅了！

　　回到指令室換完衣服後 (魔石合成功能啟用)，查查支給箱可取得 《星之掛墜》。記錄點又有新的特別任務 ：

　　回到司令室找「拉扎德」，得知此次任務是要消滅「安吉爾」，而「薩菲羅斯」也會同行前往。此時大樓內警報響起，原來有入侵者！坐電梯出去到入口大廳，消滅入侵的大型兵器後，殺出到八番街。

　　「希斯內」感謝「扎克斯」相救，送上《調查科支援室》致謝。此時 「薩菲羅斯」來電，要「扎克斯」趕往五號魔晄爐。

　　跟著「薩菲羅斯」一路往前下樓梯，來到「荷蘭德」的秘密研究室，但門被鎖住無法進入，須轉動最下層的閥門來啟動動力源。

　　返回到最先的記錄點，從右側的樓梯下去，一路到最下層，轉動閥門啟動電力源，旁邊的寶箱可取得《神羅保式防具》、《高級回復劑》。

　　回到上層與「薩菲羅斯」會合，一同進入研究室。調查記錄點兩旁的資料文件後，「薩菲羅斯」說出當初「杰內西斯」在訓練室發狂那次受傷大失血， 「安吉爾」為他輸血之事，也暗示「杰內西斯」與「安吉爾」有不尋常的體質。

　　再調查「薩菲羅斯」旁的文件資料後，與「薩菲羅斯」交談時，「荷蘭德」與「杰內西斯」出現。「薩菲羅斯」擋住「杰內西斯」，要「扎克斯 」去追捕「荷蘭德」。

　　一路追著「荷蘭德」到外圍部，上方角落處的寶箱可取得 《魔環》。追到盡頭打倒出現的機器兵器，終追到 「荷蘭德」，卻遭「安吉爾」出現攔阻，並展現背上的羽翼，說自己變成了怪物，並想征服世界的話。「扎克斯」不想與他交手，而「安吉爾」一記火球打落地道 內......

　　正要走出教堂時，「愛麗絲」說要跟著「扎克斯」進街市，順便當他在貧民窟的響導。沿路前進、掃除出現的怪物，來到貧民大道，進入下方的街市。

　　進入即與一名小男孩擦撞而過，稍加注意時，才發現錢包被偷走了！「愛麗絲」表示認識那小男孩，他一定有什麼原因才會偷錢，決定去找到他來問問理由。

　　走到下方出口處，遇到一位剛進來的男子，詢問得知沒有小孩出去。男子向「扎克斯」建議說若想找人，最好街上的人們幫助。

　　詢問右下方的小女孩，她說認識那名偷錢的小男孩，答應幫你去找，請你在此地等她 (等待時、直接選認為被騙吧！因為若一直等，結果都一樣的！)。久 久不見小女孩回來，「扎克斯」走向街道時，看見小女孩正與小男孩交談，不過小男孩見到「扎克斯」，當即快閃囉！小女孩抱怨說快抓到小男孩，卻被」扎克斯 」給破壞>"<！

　　到左下方找飾品店店員，請他幫忙找偷錢包的小男孩。他雖答應了，但當圍堵小男孩到他面前時，他根本沒打算追而讓小男孩跑走了>"<！

　　無奈再到左上方找小男孩幫忙，但他說要給他《回復劑》才肯幫忙 (給不給都沒得到情報，所以甭給唄！)。 因無法得到有利的情報，所以再找小男孩斜對面 (中央處) 的魔石店店員幫忙。不過他也一樣，當圍堵偷錢小孩時，他也沒打算追而讓小孩跑走了>"<！

　　無奈來到中上方找「愛麗絲」交談後，兩人決定共同圍堵偷錢小男孩。於是繞街一圈，終抓到小男孩，詢問得知他因買藥的錢包被公園的怪物吃掉，所以才會偷錢來買藥。 「扎克斯」決定幫他去從怪物那裡把錢包拿回來 (若要直接幫他買藥也會不夠錢>"<)。往上回到貧民大道，再往右到 六番街的公園前打倒怪物，取回小孩的錢包。拿回去還給小孩，讓他回去買藥。

　　繼續在街市逛街，左上方的魔石店店員說送貨員把魔石弄掉不少，請你幫忙打工撿取唄！此是個撿魔石的小遊戲，街上共有二十顆魔石，撿完後視所花的時間而獲得工資，時間越少、工資越多唄！可一直玩哦 ^^。

　　街市上方角落的小男孩，可找他玩玩猜人數的小遊戲，也是可一直玩 ^^。

　　到左下的飾品店，店員見「扎克斯」是「愛麗絲」的朋友，對於剛追小男孩之事，送上《蘇摩酒》、《高級回復劑》致歉。之後、「扎克斯」也買了紅蝴蝶結送給 「愛麗斯」，兩人到公園約會去囉^^。

　　兩人公園約會聊了許多，此時總部來電，說「杰內西斯」攻進總部，要「扎克斯」趕回總部。「札克斯」向「愛麗絲」說一定會再來，便趕回街市 。正要由下方出去到零番街時，剛才丟錢包的小孩跑來，為感謝「扎克斯」幫他找回錢包，送上《偷盜》魔石致謝。

　　離開五番街街市，來到零番街貧民區高速路，一路消滅相繼而來的幾批敵兵後，「安吉爾」來到，帶著「扎克斯」飛進神羅大樓。

　　沿路殺敵前進到科學部門，可取得《超級回復劑》、《萬能藥》。接著坐電梯到樓上見到「寶條」博士，但他似乎對「杰內西斯」不以為意，不肯與「扎克斯 」避難去。

　　「扎克斯」走到中央的容器室調查時，「寶條」讓「扎克斯」進入容器室，進行了身體 SP 強化功能 (視所選的答案而有不同的數值)。再次與 「寶條」交談時，「杰內西斯」與「安吉爾」相繼來到！

　　「杰內西斯」破壞研究容器室後便飛離而去，「安吉爾」帶著「扎克斯」飛出追擊，見到「杰內西斯」喚出召喚獸「巴哈姆特烈」。「安吉爾」對付 「杰內西斯」而去，要「扎克斯」消滅召喚獸。

　　打倒「巴哈姆特烈」，回到總部後，「扎克斯」打電話聯絡不到「薩菲羅斯」，旁邊的神羅士兵說「薩菲羅斯」正在資料室查科學部門以往的資料，因裡面不能帶情報終端，所以才無法聯絡到他。

　　此時「愛麗絲」來電，提起「扎克斯」答應幫她做賣花推車的事，「扎克斯」表示會即刻前去找她。此時到記錄點，有興趣就打打新任務吧！

　　坐電梯到入口，出大樓到八番街，到右方的一番街車站，再往上到五番街貧民窟。

　　「扎克斯」無奈只好跟著「曾」乘坐直昇機往梅得奧海姆出發，但途中卻遭怪物襲擊而墜落在梅得奧溪谷的東部雪地高原，如今只有用步行前往梅得奧海姆村了。

　　繼續前進來到北部發現敵軍魔晄挖掘試驗所，「扎克斯」決定潛入調查一下。此處是個躲避巡邏守衛的小遊戲，有寶箱可拿，有興趣就玩吧！不然失敗五次即 可直接進入，繼續後續劇情。

　　「杰內西斯」落敗後，自己卻跳落深淵之中 尋死。「扎克斯」走出試驗所後，卻不見「曾」和「克勞德」等人了，此時旁邊的山洞通道已開啟，通過來到梅得奧海姆村。

　　進入酒吧內可取得《高級回復劑》、《以太》。在右上方的地上可找到一個綠色的 《鍋櫨的把手》。走到最裡面的公眾浴場，消滅出現的安吉爾臉怪物後，樓梯下可取得《以太》，而浴池內也有寶箱，不過目前水太熱無法下去。走上二樓發現昏倒的 「克勞德」及「曾」，將他們喚醒後，得知「荷蘭德」與「安吉爾」就在裡面。

　　進鍋爐室下樓梯到一樓，左側可取得《力之護符》，也可看見一個蒸汽洞內有東西，但因太熱而無法拿取。走上左側樓梯可看見一台鍋爐機器，發現上面有個孔洞。將 《鍋櫨的把手》插進並轉動，停止了鍋爐蒸汽運作。此時即可到一樓的蒸汽洞取得《雷之腕輪》，到浴池內取得《魔法消蝕》。

　　回到鍋爐機器處，走出去外圍走道，沿路前進到大廳見到「安吉爾」與「荷蘭德」。得知他倆是父子，而「安吉爾」的母親「杰利安」是自盡的，因為 「荷蘭德」利用「杰利安」埋藏體內的杰諾瓦細胞做實驗，孕育出「安吉爾」與「杰內西斯」，她因此感到恥辱才自盡的！

　　「安吉爾」不恥父親的瘋狂實驗，為了結束自己痛苦的杰諾瓦力量，喚出怪物與之結合，逼「扎克斯」與其戰鬥！

　　「安吉爾」落敗臨終前，將手上的破壞大劍託付給「扎克斯」，要他勿忘榮譽，帶著夢想朝英雄之路邁進！此時天空下起雨來，尤同「扎克斯」心中之悲泣！

　　此時「曾」急忙趕來，說「杰內西斯」複製人來襲！「扎克斯」當即拿起遮陽傘當武器，消滅所有敵人後，「曾」說朱 諾那邊遭到不知名組織的襲擊，要「扎克斯」立即停止假期，與他一同前往朱諾。

　　沿路滅敵前進、途中可取得 5000G、 《高級回復劑》、《銅之腕輪》。來到盡頭坐電梯到 Lv.6 層，消滅來襲敵兵後，一名特種兵來說 「荷蘭德」逃走了。

　　沿路滅敵前進、途中可取得《吸血》、《陸行鳥之腕輪》。路上見到「荷蘭德」，但被他逃脫了！來到盡頭解決出現的敵兵，啟動牆上開關開門進入到中央隧道， 「荷蘭德」放出新型戰兵阻擊「扎克斯」，自己趁機逃走了！

　　消滅戰車後，「曾」來到表示這一帶基本上被敵人壓制，若將此處的門鎖上，可暫時將中央隧道當成難民收容所。將難民安置好後，「扎克斯」準備繼續追擊 「荷蘭德」。此時可在記錄點，有興趣就打打新任務吧！

　　走出中央隧道到 Lv.6 朱諾要塞上層。解決「荷蘭德」放出要襲擊中央隧道難民區的所有敵兵後，往前到盡頭啟動開關將門打開，進入到朱諾空港。

　　往前乘坐升降台到頂部，消滅出現的機械兵器，終追上「荷蘭德」，但卻見他一頭栽往樓下而去。原以為他是自盡，但沒多久竟見兩名「杰內西斯 」複製人，將「荷蘭德」帶著飛離而去！此時「薩菲羅斯」來到，表示世界各地都出現了「杰內西斯」復製體，看來「杰內西斯」並未死去！

　　此時「愛麗絲」想起「扎克斯」允諾幫她做賣花推車的事，「扎克斯」當即決定去找材料來製作賣花推車。

　　走出教堂外見到「曾」，他表示是依命令在執行監視「愛麗絲」的任務，不會妨礙「扎克斯」與「愛麗絲」遊玩的時間 ^^。此時上次丟錢包的小男孩來到，他知 「扎克斯」要做賣花推車，表示要收集工具、木材、車輪、參考書這四種材料。

　　跟隨著小男孩，在教會前道路的中間地上發光處，可找到第一個材料「二手工具」。接著小男孩說木材可到街市找找。

　　來到街市，到左下飾品店旁的地上找到木材時，一名木匠走過來說木材是他的，但只要幫他取正在建造的酒吧名，即可將木材送上。幫他的酒吧取名為 《第七天堂》，即可獲得第二個材料「陳舊的木材」。此時小男孩又來說知道車輪 就在有車的地方，就自己跑去了。

　　進教堂、此時可先到記錄點，有興趣就打打新任務吧！