聖櫃～象徵著人們的信仰與秩序，以及四種遵循之道：
　　其一為《朱雀》，使心為之躍動的熾炎之翼。
　　其一為《白虎》，懷抱智略的鋼鐵之腕。
　　其一為《蒼龍》，翱翔天際的無垢之瞳。
　　其一為《玄武》，昱藏利刃的堅固之盾。

　　而當9與9迎來之時，根源之意志，將為世界帶來終焉！這個世界名為【奧利恩斯】～等待在螺旋內循環著的覺醒的世界。

　　～鷗曆八百四十二年　水月　十二日～

　　坐擁《聖櫃白虎》的《米利特斯皇國》，開始侵略鄰國《朱雀屬路布姆》。在發佈宣戰布告之後，事先集結於國境附近的皇國軍，便開始朝路布布姆各地進軍。另一支分隊也於同一時間，對 《聖櫃朱雀》展開奇襲。這支部隊當中，也包含著路希！

　　使用路希進行侵略國土的行為，乃是嚴重違反了奧利恩斯，四國共同制定和平協定的重大違規事項。面對以魔導機甲為主力的皇國軍，聖櫃朱雀以魔法應戰。透過魔法喚出的召喚獸之壓倒性威力，足以凌駕戰艦。皇國軍的奇襲行動看似將以失敗收場。

　　然而、白虎路希「昆米」率領的特殊部隊，穿越了朱雀的火線，發動新兵器《水晶干擾器》，成功使得《朱雀水晶》完全失效！朱雀軍在魔力來源遭到斷絕之後，失去了大半戰力，在無計可施下接連遭到鎮壓。

　　皇國元帥「希德.歐斯坦」對朱雀174代院長「卡利亞.希瓦爾6世」，提出解除朱雀全軍武裝及交出水晶的要求，並下最後通牒，言道失去水晶庇護的朱雀國，已沒有選擇的餘地。緩衝時間為6小時，之後若不答應要求，將發動殲敵作戰，將使諸多鮮血流淌朱雀之土，想必將一如其名，被染為朱紅.......。無奈的「卡利亞.希瓦爾6世」也只能願水晶.....保佑他們...........

　　披著紅色披風的魔導院十二名朱雀零班覺醒者候補生今至，絲毫不畏懼死亡，對於面對死亡的恐怖，也渾然不知。對於自己的命運也做出了決定.......當9與9迎來9之時，識之底脈動再起.....當肇始封印解開之時，將響起如雷聲響～～

　　身心俱疲且受重傷的「伊薩納」，終不支而自「奇奇里」身上墜下。然時運不佳的再度遇上皇國士兵，「奇奇里」遭受重擊奄奄一息，「伊薩納」絕望且不甘心的仰天呼喊「艾斯」之名，突然一道魔法火焰襲滅攻擊的三名皇國士兵。 零班學員「艾斯」與「葵因 (QUEEN)」、「奈恩 (NINE)」來到！

　　受重傷的「伊薩納」將物件交給「艾斯」，在完成任務後，不甘心地躺在忠心護主而亡的「奇奇里」身旁，魂歸九天.......。悲泣的「艾斯 」將「伊薩納」與「奇奇里」的遺體整理後，與「葵因」、「奈恩」開始展開作戰！

　　大怪物逃離後，往右走上台階到中層的廣場，中間焚燒旗幟的火焰旁，可找到《識別牌》。再走台階到上層，可看見第二個恢復點。先走到右下的圍欄處，可找到 《識別牌》。 接著啟動前方大門旁的紅色開關，打開升降機的大門，進入到【塔司基橋】。

　　進入到中樞後，沿路殺敵到盡頭大門內找到 《水晶干擾器》，裝上炸彈將它引爆後。返回殺敵撤離到升降機處，遭遇到機甲 「薛利安少校」襲擊。將它消滅後、機甲的爆炸也令白虎旗艦開始搖搖欲墜了......

　　與此同時、在魔導院另一邊的「馬其納 (MACHINA)」與「蕾姆 (REM)」，看見白虎旗艦墜落情景，也感到了水晶的力量似乎己經恢復了......

　　將「魔劍」打倒，「奧丁」退去後，怎知「魔劍」又復原，「艾斯」三人再次聯手將它打倒吧！

　　走廊上方有個存檔點，往左到0班教室。

　　「暮雨」介紹兩位新進候補生，正是之前在鬥技場救下的 「馬其納」和「蕾姆」。隨後表示大家在接獲命令之前，暫且各自自由行動。

　　講臺上有隻莫古利，聽他的介紹後，他說在後院有座墓地，埋葬收復戰中喪生的人，要你在開始魔導院生活前，先去向逝者獻上祈禱。回來後、他會負責講解在魔導院的生活。

　　由講臺右側門出去到後院的墓地，悼念逝者及瞭解識別牌的意義後，回到教室聽莫古利講解自由時間的事吧！

　　由噴水廣場下方的正門 (出口右側有儲存點) 出去到世界地圖，往前即可看到 【馬克坦】。

　　勝利條件：鎮壓柯爾希
　　失敗條件：馬克坦被鎮壓

　　往前到【馬克坦】前方的【第一陣地】，將它鎮壓後，轉攻右側的自動砲台，將它擊毀後，掌控【第一陣地】指揮權。

　　回到【第一陣地】，即可進入命令介面，選擇一個部隊出擊【亞克維】。將【亞克維】攻破後，即可衝入城鎮進行街道戰！

　　只要往前一路殺敵，即可在南街盡頭找到「赫略特」少校，將他 K.O 吧！並適時地從打倒的敵軍身上抽取5個幻能吧！

　　順利的取得【亞克維】指揮權後，【柯爾希】會出兵戰甲攻向【馬克坦】。此時從【亞克維】派部隊攻【柯爾希】，【第一陣地】派部隊攻【第二陣地 】，自己立馬回防【馬克坦】支援 (因為【馬克坦】被攻陷就失敗)，一直消滅來襲的戰甲。如此慢慢進逼，最後將【第二陣地】及【柯爾希】攻破後，即可衝入【柯爾希】城鎮進行街道戰！

　　此時旁邊的小孩也都圍集過來，跟小孩交談後，知他們要「薺」也和他們一起玩。再跟「薺」交談時，她說要等姐姐，要小孩們不要管她，就獨自跑開了。 隨後追上「薺」，她見你是魔法院的人，說出她姐姐是一般軍人，隸屬朱雀336中隊。

　　到城鎮入口時，看見一名朱雀兵來到。上前詢問、得知她正在找一名叫「薺」的少女，因為336中隊的朋友「芹」託她帶來信件。在得知你認識 「薺」後，請你幫她轉交《給薺的信》。將信拿去給「薺」，她知姐姐平安無事，便安心去和小朋友們玩，也送上《優的輝石》(3/43)致謝。

　　魔法局內，軍令部長要「艾蕾希亞」因未經他的許可擅自調度士兵，而令「伊薩納.久那岐」陣亡之事負責。「艾蕾希亞」認為他為一個士兵之死小題大作，氣怒摔掉手上煙斗，直言說這是在院長的許可下採取行動的.....

　　門外的「艾斯」聽到兩人的爭執，想起那為送物件給他而亡的「伊薩納」而自責。此時「馬其納」來到，「艾斯」這才想起他的全名叫「馬其納.久那岐」，因而猜出他就是「伊薩納」的弟弟，自責的 「艾斯」向他道歉，但這突如其來的道歉，令「馬其納」也感到莫名其妙......

　　往前出去回到【邊緣外側 正面樓梯】，往右到【邊緣外側 西側樓梯 】，進入原先「召喚魔導牆」擋住的通道，來到【邊緣內側 西側樓梯】。

　　「卡特爾」落敗，留下一句若眾人還活下來，日後再會的話語後，便駕著魔導機甲離去。眾人正納悶他所說的話，以及他為何撤退得如此乾脆時，白虎路希 「尼布斯」來到，擊毀要追擊的朱雀軍和蒼龍軍！

　　作戰總部的「暮雨」指揮官，見此情況下令通知所有部隊及0班學員，表示朱雀路希「須臾」即將前往戰區，要所有部隊及0班學員立刻脫離戰線。片刻、朱雀路希 「須臾」趕至戰區與白虎路希「尼布斯」交鋒，瞬間整個戰區陷入火光之中..........

　　多格雷斯之戰以朱雀、蒼龍聯軍壓倒性的勝利作收，然而.....朱雀、蒼龍、白虎這三方也付出了相當慘重的傷亡！至於睽違五百年，再度發生的路希正面衝突，則使得朱雀屬多格雷斯這塊土地，從奧利恩斯的地圖上，永遠消失了.......

　　【雅馬達旅館 玄關】：有恢復點和儲存點。

　　【雅馬達旅館前】敵軍分佈：LV23 艾邦斯下士、LV23 對人火箭砲兵x4、LV23 皇國兵x2。

　　【0709地區】敵軍分佈：LV23 比耶特、LV23 突擊兵x3。「比耶特」被打倒後會逃走！

　　【0711地區】敵軍分佈：LV26 迪畢斯少尉、LV23 皇國兵xN。若沒擊毀中型艦載艇，士兵會一直出！

　　【0714地區】敵軍分佈：LV23 弗洛斯特上尉、LV23 巨像、LV23 皇國兵x5。擊倒「弗洛斯特」後，轉身可看到後方盡頭出現地下道，進入到0720地區。

　　【0720地區】：有恢復點和儲存點。

　　【0722地區】敵軍分佈：LV23 多索少尉、LV23 皇國兵x4。

　　【0723地區】
　　聽到敵軍通訊兵的談話，這才知蒼龍女王被暗殺了，而0班學員被誣陷是暗殺女王的嫌疑犯！

　　敵軍分佈：LV 蘭多弗少校、LV23 巨像、LV23 皇國兵x2。在左上方「巨像」出現的角落箱子、中央處的鐵箱旁、最右下角落的箱子，共可找到三本《皇國軍人手冊》。(此區S.O.任務需要的物品)

　　【0724地區】敵軍分佈：LV24 異能者阿卡多、LV23 皇國兵x2。「阿卡多」不怎麼好打，所以若打不過，就直衝到下個地區吧！雖後續「阿卡多」會一直追來，但他走很慢，所以大可不用理他！

　　【0725地區】敵軍分佈：LV23 雷蒙德淮尉、LV23 皇國兵x3。

　　【0726地區】敵軍分佈：LV23 巨像、LV23 皇國兵。

　　【0727地區】敵軍分佈：LV23 諾曼上尉、LV23 皇國兵x2。消滅「諾曼」獲得《解除鑰匙》後，走到盡頭用鑰匙開門，進入到0729地區。

　　【0729地區】：有恢復點和儲存點。

　　【0730地區】敵軍分佈：LV23 尼爾中尉、LV23 皇國兵x5。此區為趕搭列車離開，所以有三分鐘時限，須在時間內將部隊長「尼爾」消滅，並跑到中央處的列車車頂上。而在左下木箱、左上木箱、正上方木箱，共可找到三份《第九一輸送師團編組表》。(此區S.O.任務需要的物品)

　　【帝都鐵路 列車上】敵軍分佈：LV23 空中機動兵x2、LV23 對人火箭砲兵、LV23 皇國兵x6。
　　有恢復點和儲存點。沿路殺敵前進，到盡頭放入鐵板，走到旁邊的列車，先往右到盡頭可找到《HP 成長劑》。再繼續往前一直到最後的盡頭，可找到《攜帶糧食》。再將敵人全滅後，即可到到達3348地區停車所。

　　【3348地區 停車所】：有恢復點和儲存點。

　　【3348地區】：LV23 亞倫少尉、LV23 皇國兵x8。打倒部隊長「亞倫」前，記得留名士兵哦！如此即可在投降的士兵處取得《車輛後部鑰匙甲型》。拿去打開右側車輛後門，從裡面的降兵取得 《高級治療劑》和《車輛後部鑰匙乙型》。再拿去開左側車輛後門時，發現躲在裡面的「比耶特」逃走>"<。

　　【3349地區】：LV23 哈利上尉、LV23 軍用夸爾x2、LV23 皇國兵x6。打倒「哈利」可取得《車輛後部鑰匙甲貳型》，去開車輛後門，裡面取得《戰鬥支援劑》。

　　【3350地區】：LV25 雷神之杵。將它打倒後，它會升空開始射飛彈，趕快躲在車後面，讓它的飛彈射炸車子。再衝到最前方的車子後面，引它再射飛彈炸車子。當車子被炸毀後，右側的大廈出現洞口，趕快衝進到A13大廈。

　　【A13大廈 玄關】：「雷神之杵」因進不來，會在外面瘋狂的猛朝裡面發射飛彈，小心的躲避飛彈，等它離去後，即可進入到1F。

　　【A13大廈 1F】：有恢復點和儲存點。

　　【A13大廈 2F】：LV23 雪巨人。

　　【A13大廈 物資搬運通道】：LV23 邪眼x6。入口處對面油桶和箱子交接處，可找到《搬運物資的收據》。沿路前進、在轉角的箱子處可找到《搬運物資的收據》。(此區S.O.任務所須之物品)

　　【A13大廈 昇降機大廳】：LV24 凶惡巨獸、LV23 比耶特。消滅「凶惡巨獸」後，那一直逃跑的「比耶特」終於又出現了，這次徹底的把他消滅吧！

　　【A13大廈 頂樓】：有恢復點和儲存點。

　　【A13大廈 外側樓梯】：LV23 皇國兵x8、LV25 雷神之杵。

　　【3352地區】：LV23 托維少校、LV23 巨像、LV23 強化兵x2。有恢復點。打倒「托維」可取得《車輛後部鑰匙乙貳型》，去開兩輛可打開後門的車子，裡面各可取得《皇國步兵準則》。(此區S.O.任務所須之物品)

　　【3360地區】：有恢復點和儲存點。

　　【3361地區】：LV25 雷神之杵。將「雷神之杵」消滅後，蒼龍府「星姬」為替女王報仇，從後擊倒「蕾姆」。「馬其納」見狀直撲向前搭救時，被「星姬」身旁的龍發出強烈電擊而昏厥過去了........

　　此時「馬其納」對0班積怨已久的情緒暴發，責問他哥哥「伊薩納」致死之因。大家表示只是按照高層擬定的作戰，但「馬其納」仍無法接受！後在「蕾姆 」的勸慰下，心緒暫為緩和，獨自去看看附近的狀況.....

　　過了許久時間，「蕾姆」仍未見「馬其納」回來而擔心時，突見「馬其納」自遠處緩緩的回來，「蕾姆」開心地跑向前........。此時 「蒂絲」表示COMM有反應，已和朱雀聯繫上，魔法院已派飛空艇要來接大家回去了。

　　離開前、先再到儲存檔處，可在地上找到《安夏爾的輝石》(9/43)。出去到世界地圖 (舊羅利卡地域)，往前即可看見大坑洞 (按Z鍵看)。先沿大坑洞邊往左走，當走到大坑洞左側附近 (小心避開LV99的巨角獸哦！)，即可看到地上的閃光，拾得《昆米的輝石》(10/43)。接著再往右一直沿路走到【約赫拉地方】，即可看到前來接大家的飛空艇，返回魔導院囉^^。